在虚构的未来世界，一种异次元生命入侵地球，妄图夺取地球上的海洋资源。自此一支由全世界各国美少女组成的特殊队伍展开了抵抗异次元生命入侵，保护地球海洋资源的的行动。因为这些少女们装备了高科技装备“舰装”，因此就如同一艘人形舰船一样，能够在海上自由行动，且拥有各种舰船的能力，她们都被称为“舰娘”。